分子、原子都是构成物质的粒子，它们的质量都很小，分子在化学变化中可以分成原子，而原子不能再分；据此进行分析判断．
【解析】
分子、原子都是构成物质的粒子，在化学变化中，分子变为原子，原子再重新结合，故它们的根本区别是在化学变化中，分子可分，原子不可分．
A、分子与原子的根本区别是在化学变化中，分子可分，原子不可分；而不是分子大，原子小，且分子不一定比原子大，故选项错误．
B、分子与原子的根本区别是在化学变化中，分子可分，原子不可分，故选项正确．
C、分子与原子的根本区别是在化学变化中，分子可分，原子不可分；分子与原子都是构成物质的微粒，故选项错误．
D、分子与原子的根本区别是在化学变化中，分子可分，原子不可分；分子和原子都是不断运动的，故选项错误．
故选B．
