A、根据分子的概念进行分析判断即可；
B、构成物质的粒子包括分子、原子和离子，有些分子和原子的质子数可能相同；
C、当离子为原子团形成的离子时，在某些化学反应中，原子团也可能发生变化；
D、根据原子的概念进行分析判断即可．
【解析】
A、分子是保持物质化学性质的最小粒子，故选项说法错误．
B、质子数相同的粒子，不一定是同种元素的原子，如水分子和氖原子的质子数相同，但不是同种元素的原子，故选项说法错误．
C、原子团形成的离子在化学反应中可以再分，如氯酸钾中的氯酸根离子、碳酸钙中的碳酸根离子在高温下就可以再分，故选项说法错误．
D、原子是化学变化中的最小粒子，即在化学反应中不能再分成更小的粒子，故选项说法正确．
故选D．
