A、根据分子和原子不能笼统地比较大小判断；
B、根据不同物质的结构判断；
C、分子和原子的性质有：在不断运动，有间隔，体积和质量很小；
D、根据化学变化的实质判断．
【解析】
A、分子和原子不能笼统地比较大小，一般分子比构成它的原子大，所以错误；
B、能直接构成物质的粒子有三种：分子、原子、离子，如铁是由铁原子构成的，所以错误；
C、分子和原子的性质有：在不断运动，有间隔，体积和质量很小；故B错误；
D、在化学变化中，分子分成原子，原子再重新组成新的分子，所以，在化学反应中，分子可以再分，原子不能再分，故D正确．
故选D．
