分子和原子的主要区别是在化学变化中分子可分，原子不可分；分子和原子不管是质量还是体积都不能比较大小有的原子比有的分子大；分子、原子、离子都能直接构成物质．
【解析】
A、分子和原子不管是质量还是体积都不能比较大小，因为有的原子很小，有的原子很大，有的分子很小，有的分子很大．故A不正确；
B、分子的质量不一定比原子大，例如水分子的质量比铁原子的质量小．故B不正确．
C、分子、原子、离子都能直接构成物质．故C不正确．
D、化学变化的过程是分子破裂成原子，原子重新组合成新分子的过程，在化学变化过程中分子可以分，而原子只能重新组合，这是分子与原子的本质区别，故D正确．
故选D
