分子和原子的主要区别是在化学变化中分子可分，原子不可分；分子和原子不管是质量还是体积都不能比较大小，有的原子比有的分子大；分子、原子间都由一定的间隔．
【解析】
A、分子和原子不管是质量还是体积都不能比较大小，因为有的原子很小，有的原子很大，有的分子很小，有的分子很大．故A不正确；
B、分子的质量不一定比原子大，例如水分子的质量比铁原子的质量小．故B不正确．
C、分子和原子间有空隙．故C不正确．
D、化学变化的过程是分子破裂成原子，原子重新组合成新分子的过程，在化学变化过程中分子可以分，而原子只能重新组合，这是分子与原子的本质区别，故D正确．
故选D
